La empresa realiza una extensa actividad de desarrollo para crear nuevos productos, y para mejorar su rango actual. Este trabajo de desarrollo incluye el mejoramiento de procesos y pruebas, y la búsqueda de mejores formulaciones en términos de eficacia y reacciones secundarias.

Para lograr estas metas, la empresa utiliza por un lado sus propias instalaciones y recursos técnicos, y por otra parte, recibe asistencia científica de la Universidad de la República a través de acuerdos específicos para cada proyecto de desarrollo.

Esta relación con el medio académico, recientemente potenciada, le brinda a la empresa acceso a especialistas en inmunología, biología molecular y biotecnología, quienes son esenciales para proyectos avanzados.

la Empresa tiene a su disposición varios campos experimentales en distintas zonas del país, con diferentes animales para la realización de pruebas.

Desde el comienzo, Prondil ha establecido alianzas con el campo académico a través de acuerdos con varias instituciones, tales como: